時の果てとも言うべき遠い未来。世界は“汚染物質”に覆われ、人々は自らの意志で動く自律型移動都市（レギオス）で暮らしていた。数ある移動都市の1つ　「学園都市ツェルニ」にやってきた少年・レイフォンは、入学式で他生徒の起こしたトラブルに巻き込まれ、ツェルニを守る“第十七小隊”に入隊するはめになる。ところがそこは、とんでもない“落ちこぼれ部隊”だった！個性的な“第十七小隊”のメンバーに囲まれた、レイフォンの新たなる学園生活。そして過去を語りたがらないレイフォン自身と、《自律型移動都市》に隠された秘密とは・・・。